Hugging Face's logo

Diffusers documentation

RFD4ProteinaAutoencoder

You are viewing main version, which requires installation from source. If you'd like regular pip install, checkout the latest stable version (v0.42.1).
Hugging Face's logo
Join the Hugging Face community

and get access to the augmented documentation experience

to get started

RFD4ProteinaAutoencoder

المشفّر-المفكّك التلقائي لـ RFD4-Proteína. يحوّل encode إحداثيات atom37 إلى كامنات محلية لكل رمز، بينما يعيد decode الكامنات ومواقع الهيكل الأساسي إلى بنية atom37 وهويات البقايا. وهو مسجّل في خط الأنابيب باسم vae.

from diffusers import RFD4ProteinaAutoencoder

vae = RFD4ProteinaAutoencoder.from_pretrained("nvidia/RFD4-Proteina-Diffusers", subfolder="vae")

RFD4ProteinaAutoencoder

فئة diffusers.RFD4ProteinaAutoencoder

< >

( atom37_mask: Sequenceallowed_residue_types: Sequencelatent_dim: int = 32n_residue_types: int = 147num_token_types: int = 7nlayers: int = 12token_dim: int = 768nheads: int = 12dim_cond: int = 128pair_repr_dim: int = 256token_type_emb_dim: int = 32encoder_feats_seq: tuple = ('token_type', 'x1_a37coors_nm', 'x1_a37coors_nm_rel', 'chain_idx_seq', 'incident_bond_type_counts', 'atom37_element_charge_embedding')decoder_feats_seq: tuple = ('ca_coors_nm', 'z_latent_seq', 'token_type', 'cond_residue_type') )

المعاملات

  • latent_dim (int، القيمة الافتراضية 32) — عرض الكامن المحلي لكل رمز.
  • n_residue_types (int، القيمة الافتراضية 147) — حجم مفردات البقايا.
  • num_token_types (int، القيمة الافتراضية 7) — حجم مفردات أنواع الرموز: البروتين، وحمض核ريبوني، وحمض نووي، وذرات، ومجهول، وسكاريد، وحمض أميني غير قياسي.
  • allowed_residue_types (list[list[bool]]) — جدول بأبعاد (num_token_types, n_residue_types) يحدد فئات البقايا التي يمكن أن يُفكّك إليها كل نوع من الرموز.
  • nlayers (int، القيمة الافتراضية 12) — طبقات الجذع في كل من المُشفِّر والمُفكِّك.
  • token_dim (int، القيمة الافتراضية 768) — عرض تمثيل الرمز.
  • nheads (int، القيمة الافتراضية 12) — عدد رؤوس الانتباه في كل طبقة.
  • dim_cond (int، القيمة الافتراضية 128) — عرض متجه الشرط (غير مستخدم، صفري).
  • pair_repr_dim (int، القيمة الافتراضية 256) — عرض الأزواج الذي تُبنى به طبقات الجذع. لا يستخدم المرمّز/المفكّك (autoencoder) المُصدر انحيازًا للأزواج، لذا لا يحتوي هذا المعامل على أي معاملات.
  • token_type_emb_dim (int، القيمة الافتراضية 32) — عرض تضمين نوع الرمز.
  • encoder_feats_seq, decoder_feats_seq (list[str]) — الميزات المُسقطَة إلى مدخلات المُشفِّر والمُفكِّك.
  • atom37_mask (list[list[bool]]) — فتحات atom37 الصالحة لكل نوع من أنواع البقايا، على شكل (n_residue_types, 37).

مُشفِّر جزيئي مُزاوج ومُفكِّك atom37.

الإحداثيات المُقدَّمة إلى هذا النموذج والمُعاد إرجاعها منه تكون بالنانومتر.

encode

< >

( coords_nm: Tensorpadding_mask: Tensortoken_type: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneatom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneconditioning: dict[str, typing.Any] | None = Nonegenerator: typing.Union[torch.Generator, list[torch.Generator], NoneType] = Nonereturn_dict: bool = True ) → RFD4ProteinaEncoderOutput or tuple

المعاملات

  • coords_nm (torch.Tensor) — إحداثيات ذرات (batch, tokens, 37, 3) بالنانومتر.
  • padding_mask (torch.Tensor) — (batch, tokens)، تكون قيمتها صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).
  • token_type (torch.Tensor، اختياري) — رموز أنواع الرموز (batch, tokens).
  • atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) — (batch, tokens, 37)، تكون قيمته true حيث يُستخدم خانة ذرة.
  • conditioning (dict[str, Any]، اختياري) — متجهات البنية المتبقية والشروط، تحت المفاتيح التي تُصدرها وحدة المعالجة المسبقة.
  • generator (torch.Generator أو list[torch.Generator]، اختياري) — مولّد واحد لكل صف في الدفعة لنماذج كامنة عشوائية مستقلة. في حال عدم وجوده، يتم السحب من التدفق العام.
  • return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) — إرجاع مخرجات بنوع محدد، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد

RFD4ProteinaEncoderOutput أو tuple

متجهات كامنة ومتوسطة ومقياس لوغاريتمي بأشكال (batch, tokens, latent_dim).

ترميز الإحداثيات المُعدّة والشروط إلى كامنات محلية مُستخرجة لكل رمز.

decode

< >

( z_latent: Tensorca_coors_nm: Tensorpadding_mask: Tensortoken_type: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneatom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneconditioning: dict[str, typing.Any] | None = Nonereturn_dict: bool = True ) → RFD4ProteinaDecoderOutput or tuple

المعاملات

  • z_latent (torch.Tensor) — (batch, tokens, latent_dim) متغيرات كامنة محلية لكل رمز.
  • ca_coors_nm (torch.Tensor) — (batch, tokens, 3) مواقع CA في العمود الفقري بالنانومتر.
  • padding_mask (torch.Tensor) — (batch, tokens)، تكون قيمتها صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).
  • token_type (torch.Tensor، اختياري) — رموز أنواع الرموز (batch, tokens).
  • atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) — (batch, tokens, 37)، تكون قيمته true حيث يُستخدم خانة ذرة.
  • conditioning (dict[str, Any]، اختياري) — متجهات البنية المتبقية والشروط، تحت المفاتيح التي يُصدرها المعالج المسبق. يُقرأ شرط التسلسل من هنا.
  • return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) — إرجاع مخرجات بنوع محدد، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد

RFD4ProteinaDecoderOutput أو tuple

إحداثيات (batch, tokens, 37, 3) بالنانومتر، أنواع البقايا (batch, tokens)، قناع الانبعاث (batch, tokens) وقناع الذرات (batch, tokens, 37). إحداثيات الذرات غير المنبعثة تساوي صفراً.

فكّ تشفير الكمون لكل رمز ومواقع العمود الفقري إلى بنية atom37.

forward

< >

( z_latent: Tensorca_coors_nm: Tensorpadding_mask: Tensortoken_type: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneatom37_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneconditioning: dict[str, typing.Any] | None = Nonereturn_dict: bool = True ) → RFD4ProteinaDecoderOutput or tuple

المعاملات

  • z_latent (torch.Tensor) — (batch, tokens, latent_dim) متغيرات كامنة محلية لكل رمز.
  • ca_coors_nm (torch.Tensor) — (batch, tokens, 3) مواقع CA في العمود الفقري بالنانومتر.
  • padding_mask (torch.Tensor) — (batch, tokens)، تكون قيمتها صحيحة (true) حيث يكون الرمز (token) حقيقيًا وليس تعبئة (padding).
  • token_type (torch.Tensor، اختياري) — رموز أنواع الرموز (batch, tokens).
  • atom37_mask (torch.Tensor، اختياري) — (batch, tokens, 37)، تكون قيمته true حيث يُستخدم خانة ذرة.
  • conditioning (dict[str, Any]، اختياري) — متجهات البنية المتبقية والشروط.
  • return_dict (bool، القيمة الافتراضية True) — إرجاع مخرجات بنوع محدد، أو مجموعة (tuple) من حقولها.

يعيد

RFD4ProteinaDecoderOutput أو tuple

إحداثيات مفكوكة، أنواع بقايا، وأقنعة ذرة/إصدار.

فكّ تشفير الكمونيات (latents) ومواقع العمود الفقري (backbone) لكل رمز؛ ما يعادل استدعاء decode().

RFD4ProteinaEncoderOutput

فئة diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaEncoderOutput

< >

( latent: Tensormean: typing.Optional[torch.Tensor] = Nonelog_scale: typing.Optional[torch.Tensor] = None )

المعاملات

  • latent (torch.Tensor) — عينة mean + noise * exp(log_scale)، صفر خارج الرموز الكامنة المُصدَرة.
  • mean (torch.Tensor) — متوسط غاوسي، صفر خارج الرموز الكامنة المُخرَجة.
  • log_scale (torch.Tensor) — الانحراف المعياري اللوغاريتمي، صفر خارج الرموز الكامنة المُخرَجة.

معاملات مُسحبة كامنة وغاوسية، كلٌّ منها على شكل (batch, tokens, latent_dim).

RFD4ProteinaDecoderOutput

class diffusers.models.autoencoders.autoencoder_rfd4_proteina.RFD4ProteinaDecoderOutput

< >

( coordinates: Tensorresidue_type: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneemit_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = Noneatom_mask: typing.Optional[torch.Tensor] = None )

المعاملات

  • coordinates (torch.Tensor) — إحداثيات (batch, tokens, 37, 3) بالنانومتر؛ الذرات غير المُخرَجة تساوي صفراً.
  • residue_type (torch.Tensor) — فهارس مفردات بقايا على شكل (batch, tokens).
  • emit_mask (torch.Tensor) — قناع رموز صادرة من نوع منطقي، بأبعاد (batch, tokens).
  • atom_mask (torch.Tensor) — قناع منطقي للذرات الصالحة، بأبعاد (batch, tokens, 37).

إحداثيات جزيئية مفكوكة الشفرة وطوبولوجيا ذرّية منفصلة37.

Update on GitHub

←QwenImageTransformer2DModel RFD4ProteinaTransformer→